New York City viene amministrata secondo uno statuto cittadino stabilito dall'assemblea legislativa dello stato di New York. Per quanto soggetta allo stato, la città gode di un elevato grado di autonomia legislativa ed esecutiva. Come in gran parte degli Stati Uniti, il governo cittadino si articola in un ramo esecutivo, uno legislativo ed uno giudiziario.

Il potere esecutivo è affidato al sindaco, che viene scelto tramite un voto popolare diretto; l'attuale sindaco di New York è Michael Bloomberg (aprile 2004). Il potere legislativo è esercitato da un Consiglio cittadino di 51 membri, ciascuno dei quali rappresenta un distretto elettorale di circa 160.000 persone. Dal punto di vista giudiziario, poiché New York si estende su 5 diverse contee (corrispondenti ai 5 quartieri), essa è leggermente anomala rispetto al resto degli Stati Uniti: infatti la giustizia penale viene esercitata dalle Corti delle singole contee, mentre la giustizia civile viene esercitata da un'unica Corte; inoltre alcuni giudici vengono nominati dal sindaco per periodi di 10 anni, anziché essere eletti.